Etapa 1 (2020 și 2022): Analiză epidemiologică și caracterizarea agenților patogeni selectați

Obiective generale:

-Izolarea și identificarea tulpinilor de C. difficile și E.coli din probe de origine diversă

-Caracterizarea tulpinilor de C. difficile și E.coli izolate utilizând metode clasice și moleculare

Etapa 2 (2023): Evaluarea dinamicii transmisibilității pe lanț alimentar a tulpinilor de C. difficile și E.coli izolate și caracterizate în etapele anterioare

Obiective generale:

-Compararea susceptibilității la antimicrobiene, a genelor de virulență și de rezistență, precum și a grupurilor filogenetice identificate în rândul tulpinilor de C. difficile și E.coli de origine diversă

-Evaluarea gradului de înrudire genetică a tulpinilor de C. difficile și E.coli de origine diversă, în vederea investigării potențialelor implicații pentru sănătatea publică

Stage I (2020 and 2022): Epidemiological survey and characterization of the selected pathogens (E. coli and C. difficile)

General objectives:􏰏

-Isolation of E. coli and C. difficile strains from different samples and identity confirmation􏰏

-Characterization of the isolated E. coli and C. difficile strains using classical and molecular methods

Stage II (2023): The evaluation of pathogens and antimicrobial resistance transmission dynamic in the food chain

General objectives:􏰏

-Analysis and comparison of antimicrobial susceptibility, antimicrobial resistance genes, virulence determinants and phylogenetic groups among E. coli and C. difficile of different origins

-Evaluation of the clonal relatedness of E. coli and C. difficile isolates in order to investigate potential public health implications